12 kwietnia 1801 w katedrze Sioni w Tbilisi oficjalnie odczytany został carski ukaz o inkorporacji Kartlii i Kachetii. Królowa Maria, razem z królową Daredżan i częścią szlachty, bezskutecznie protestowała. Nowa administracja rosyjska pozbawiła ją przysługujących jej dotąd dochodów.
W 1802 car Aleksander I usunął gen. Knorringa z urzędu generał-gubernatora tyfliskiego, widząc jego okrucieństwo wobec miejscowej ludności oraz nadużycia, jakich dopuszczali się rosyjscy urzędnicy. Następcą Knorringa został zrusyfikowany Gruzin gen. Pawieł Cycyanow (Ciciszwili). Nie zmienił on rozkazów o wywiezieniu Bagratydów do Rosji. Maria odmówiła dobrowolnego wyjazdu do Petersburga. W marcu 1803 gen. Iwan Łazariew wtargnął do jej domu, by zmusić ją do wyjazdu. Maria śmiertelnie raniła go sztyletem.
Gruzińska królowa nie została przewieziona do Petersburga, lecz do Biełgorodu. Tam została faktycznie uwięziona w monasterze Narodzenia Matki Bożej. Podobny los spotkał jej córkę Tamarę, która mieszkała dotąd razem z nią i przy próbie wywiezienia raniła oficera policji. Maria i Tamara nie zostały zmuszone do złożenia ślubów mniszych ani nie podlegały rygorom życia monastycznego, zabroniono im jednak wszelkich działań sprzecznych ze zwyczajami klasztornymi.