Został pochowany obok swojej żony i córki, które zmarły wcześniej.
Badania naukowe W 1849 roku, gdy był dyrektorem szkoły w Pensylwanii, odkrył zależność wiążącą odległość między planetami z okresami ich obrotu wokół Słońca. Została ona nazwana Prawem Kirkwooda i dzięki niej zdobył przydomek „amerykańskiego Keplera”. Prawo okazało się niestety nieprawidłowe, ale to nie zniechęciło go do dalszych badań.
W 1857 roku zauważył przerwy między pierścieniami w pasie planetoid, znane dziś jako przerwy KirkwoodaKirkwood, Daniel: On the Theory of Meteors, Proceedings of American Association for the Advancement of Science for 1866, s. 8–14.. Dziewięć lat później zaproponował hipotezę, że są one spowodowane oddziaływaniem grawitacyjnym Jowisza, które wymusiło przejście planetoidy na inną orbitę. W tym samym roku pokazał, że główna przerwa w pierścieniach Saturna jest spowodowana grawitacyjnym oddziaływaniem z księżycem Saturna, Enceladusem. W 1872 roku był gotowy do wykazania wpływu co najmniej trzech księżyców w wytwarzaniu przerw Cassiniego i Enckego w pierścieniach Saturna.
Kirkwood napisał 129 publikacji, w tym trzy książki.