Salmeron poświęcił się służbie ubogim i dzieciom w Sienie. 22 kwietnia 1541 w bazylice św. Pawła za Murami w Rzymie złożył śluby przynależności do nowo utworzonego Towarzystwa Jezusowego.
Sobór trydencki Jesienią 1541 papież Paweł III wysłał Salmerona i Paschase Broëta jako nuncjuszy apostolskich do Irlandii. Później popłynęli do Dieppe, a następnie udali się do Paryża. Salmeron przez dwa lata wygłaszał kazania w Rzymie. Zasłynął kazaniami na temat Listu do Efezjan, które trzy razy w tygodniu wygłaszał w rzymskim kościele jezuitów. Po krótkim pobycie w Bolonii 18 maja 1546 on i Laynez zostali wysłani na sobór trydencki, gdzie pełnili funkcję papieskich teologów. Tematem debaty był dogmat o usprawiedliwieniu.
Obaj jezuici zdobyli poważanie na soborze. Ich wywody były drukowane i wysyłane biskupom. Obaj 14 marca 1547 razem z soborem przenieśli się do Bolonii. Po poważnych problemach ze zdrowiem w Padwie Salmeron powrócił do prac soborowych. Następne dwa lata w dużej części zajęło mu wygłaszania kazań w Bolonii, Wenecji, Padwie i Weronie. 4 października 1549 Salmeron i jego towarzysze Claude Le Jay i Piotr Kanizjusz uzyskali tytuły doktorskie na Uniwersytecie Bolońskim, dzięki temu mogli na zaproszenie księcia Bawarii, Wilhelma IV, przyjąć posady na uniwersytecie w Ingolstadt. Salmeron zajął się interpretacją Listu do Rzymian.