Mikołaja na Ugrieszy, posłusznik Piotr Miasnikow udał się razem z nim do wymienionego klasztoru.
26 marca 1838 Piotr Miasnikow złożył wieczyste śluby mnisze, przyjmując imię zakonne Pimen. 23 lutego 1839 został wyświęcony na hierodiakona, zaś 25 kwietnia 1840 – na hieromnicha. W monasterze pełnił obowiązki ekonoma. W 1852, gdy ihumen Hilary odszedł w stan spoczynku, hieromnich Pimen został nowym przełożonym klasztoru. Na polecenie metropolity moskiewskiego Filareta wprowadził w monasterze regułę cenobityczną (w miejsce idiorytmicznej). W 1852 otrzymał godność ihumena, zaś sześć lat później został archimandrytą.
W okresie kierowania przez niego klasztorem liczba mnichów początkowo spadła (w związku ze zmianą reguły), następnie jednak zaczęła szybko rosnąć (z 22 zakonników w 1855 do 130 w 1875). Świątobliwy Synod Rządzący podniósł wówczas liczbę opłacanych przez państwo etatów dla mnichów z 12 do 92. W okresie kierowania wspólnotą przez Pimena zwiększył się również majątek klasztorny, zaś dzięki prywatnym dotacjom mnisi mogli wznieść nowe cerkwie i budynki mieszkalne w kompleksie monasterskim. Monaster św. Mikołaja na Ugrieszy z podupadłego ośrodka życia monastycznego znów stał się jednym z najważniejszych tego typu centrów w kraju.