W 1999, po okresie zaniedbań, ukończono kosztowną restaurację części zewnętrznej oraz wnętrza świątyni. Odnowiono również imponujące XIX-wieczne organy Sauera, regularnie używane podczas organizowanych w kościele koncertów organowych, w których udział biorą organiści z całego świata. Organistą i dyrygentem w kościele św. Mikołaja jest Michael Hedley.
Liturgia Oprócz mszy katolickich w języku holenderskim i hiszpańskim, w każdą sobotę jest sprawowane nabożeństwo anglikańskie, podczas którego chór kościelny odśpiewa nieszpory.
Tytuł bazyliki mniejszej 9 grudnia 2012 papież Benedykt XVI podniósł kościół św. Mikołaja do godności bazyliki mniejszej. Watykańska Kongregacja ds. Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów jako uzasadnienie tej decyzji podała dwa argumenty: kult św. Mikołaja, patrona Amsterdamu oraz kult Cudu Amsterdamskiego12 marca 1345 roku do umierającego człowieka mieszkającego przy ul. Kalverstraat przyszedł z sakramentami ksiądz z pobliskiego kościoła. Umierający po przyjęciu komunii zwymiotował, co miało oznaczać, iż jest sługą szatana i powinien spłonąć na stosie. Ksiądz wrzucił zwróconą hostię w ogień, by ją zniszczyć, ale ta nie spłonęła – gdy wyjmował ją z płomieni, była chłodna, co uznano za cud i znak boski.