Główna historia rozgrywa się w Indiach Zachodnich podczas pomiędzy 1715 a 1722 rokiem i skupia się na walijskim piracie, Edwardzie Jamesie Kenwayu, dziadku Ratonhnhaké:tona z Assassin’s Creed III i ojcu Haythama Kenwaya, antagonisty z III, próbującym zdobyć fortunę i odnaleźć mityczne miejsce znane jako Obserwatorium, którego poza nim szukają też zarówno asasyni, jak i templariusze.
Akcja gry obejmuje Indie Zachodnie, w których mieszczą się trzy główne miasta: Hawana, Nassau i Kingston, a także liczne mniejsze wyspy, wraki statków i forty. Po raz pierwszy w serii eksploracja morska stanowi główną część gry. Edward jest kapitanem Kawki – brygu, który kradnie hiszpańskiej flocie w pierwszych misjach gry. Gra zachowała też znaną z poprzednich części serii eksplorację lądową, system skradania się oraz walki. W Black Flag dostępny jest też tryb wieloosobowy znany od Assassin’s Creed: Brotherhood.
Gra po premierze otrzymała dużą liczbę dodatków do pobrania, w tym kampanię fabularną Assassin’s Creed: Freedom Cry, którą później wydano jako samodzielną grę.