Pełniła m.in. funkcję sekretarza naukowego Komitetu Nauk Historycznych Polskiej Akademii Nauk i członkini komitetu głównego Olimpiady Historycznej przy zarządzie głównym Polskiego Towarzystwa Historycznego. Należała do założycieli Polskiego Towarzystwa Heraldycznego, została też członkiem korespondentem, a w 2012 członkiem zwyczajnym Towarzystwa Naukowego Warszawskiego.
W 2010, za wybitne zasługi w pracy naukowo-badawczej i dydaktycznej, odznaczona Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia PolskiPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 19 października 2010 r. o nadaniu orderów ().. W 2021 wyróżniona medalem „Lux et laus” przyznawanym przez Stały Komitet Mediewistów Polskich. W 2026 na UW odbyła się uroczystość odnowienia doktoratu Marii Koczerskiej.
Wybrane publikacje Rodzina szlachecka w Polsce późnośredniowiecznej, Warszawa: PWN 1975. Zbigniew Oleśnicki i Kościół krakowski w czasach jego pontyfikatu 1423–1455, Warszawa: DiG 2004. Karolińscy pokutnicy i polskie średniowieczne czarownice: konfrontacja doktryny chrześcijańskiej z życiem społeczeństwa średniowiecznego (red.), Warszawa: DiG 2007. Historia na Uniwersytecie Warszawskim: materiały Konferencji Naukowej z okazji Jubileuszu 80-lecia Instytutu Historycznego Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa, 21 października 2010 r.