Po wprowadzeniu w 1774 roku przez Parlament brytyjski pięciu tzw. ustaw uciążliwych (ang. Intolerable Acts), Jones przyczynił się do powołania w 1775 roku Kongresu Prowincjonalnego Kolonii Georgia. Dwukrotnie był wybierany delegatem na Kongres Kontynentalny, lecz nie uczestniczył w jego obradach. Za pierwszym razem odmówił udziału w pracach Kongresu z powodu niewystarczającego jego zdaniem poparcia społecznego dla jego misji. Kolejna nieobecność spowodowana była koniecznością opieki nad umierającym ojcem.
W 1776 roku po ucieczce brytyjskiego gubernatora z Georgii, Jones wraz z innymi rewolucjonistami przejął władzę w kolonii. Brał udział w tworzeniu konstytucji stanowej (1777) i został ponownie wybrany spikerem nowego Zgromadzenia.
W 1778 roku po odzyskaniu przez Brytyjczyków władzy w Savannah przeniósł się do Charleston. Przebywał tam do momentu zdobycia miasta przez wojska królewskie w 1780 roku. Pojmany i więziony w St. Augustine do 1781 roku. Po uwolnieniu przedostał się do Filadelfii, gdzie ponownie został delegatem na Kongres Kontynentalny.