Obraz przedstawia opisaną w Nowym Testamencie scenę ochrzczenia Chrystusa przez Jana Chrzciciela. El Greco kompozycyjnie nie odszedł od tradycyjnego przedstawienia chrztu. Na pierwszym planie artysta umieszcza Jana Chrzciciela polewającego woda głowę Jezusa. Głowa i święcona woda lana z muszli (motyw bizantyjski) znajduje się na osi obrazu a powyżej widać białego gołębia symbolizującego Ducha Świętego. Powyżej, w otoczeniu aniołów przedstawiony został Bóg Ojciec błogosławiący Jezusa. Tak przedstawiona scena zgodna jest ze słowami z Ewangelii Marka: Tłem dla wydarzeń jest pusta przestrzeń, bez śladów przyrody jedynie z lekko zaznaczonym strumieniem. Scena chrztu rozgrywa się w nie określonej przestrzeni. El Greco tradycyjnie wprowadza własne interpretacje kładąc nacisk nie tylko na sferę ziemską, ale i na sferę niebiańską. Artysta wyraźnie dzieli kompozycje na dwie części. Bóg Ojciec, dotychczas umieszczany w dyskretny sposób, będący jedynie obecny przy chrzcie tu skupia na sobie uwagę widza. Elementem łączącym obie sfery jest Duch Święty. Dwa duchowe światy łączy ogromna czerwona tunika. Kolor płaszcza wyraźnie kontrastuje z otoczeniem i będąc symbolem męczeństwa jest jednocześnie jego zapowiedzią.