Po agresji III Rzeszy na Polskę uczestniczył we wrześniu 1939 w obronie Lwowa. Brał udział 19 września w rozmowach z oficerami Armii Czerwonej jako tłumacz oraz wyznaczony na oficera łącznikowego do dalszych rozmów. Dostał się w dniu następnym do niewoli niemieckiej, ale zbiegł z niej po kilku dniach i przedostał się do Warszawy, w której zamieszkał przy ulicy Świętokrzyskiej pod przybranym nazwiskiem „Krajewski”.

Od października 1939 działał w konspiracji jako szef Oddziału II kolejno Dowództwa Głównego Służby Zwycięstwu Polski, Komendy Okupacji Niemieckiej i Komendy Głównej Związku Walki Zbrojnej. 1 lipca 1940 rozkazem L.1/BP awansował do stopnia podpułkownika. Wiosną 1942 zapadł na gruźlicę i był zmuszony przekazać funkcję podpułkownikowi Marianowi Drobikowi, lecz pozostał konsultantem-doradcą nowego szefa Oddziału II Komendy Głównej Armii Krajowej.

W listopadzie 1943, gdy przebywał na leczeniu w otwockim sanatorium, został aresztowany, a następnie poddany śledztwu w siedzibie Gestapo przy Al. Szucha. Przebywał w ścisłej izolacji na Pawiaku, gdzie był torturowanyLeon Wanat, Za murami Pawiaka, Warszawa 1985, s. 342..