pochodzą renesansowe stalle pod wielkim chórem, w których zasiadał wójt i członkowie rady miejskiej. W chórze muzycznym organy o 26 głosach. Na bocznej ścianie nawy mniejsze organy o 9 głosach, ofiarowane w 1651 r. przez Jerzego Günthera (w uznaniu tej fundacji pochowano go w kościele niedaleko miejsca, w którym zwykle siadywał w trakcie nabożeństwa).
W kościele tym spoczywa m.in. Hieronim Łaski, który uzyskał w 1535 r. w Wiedniu przywileje dla Kieżmarku. W pięknym grobowcu pochowani są Sebastian Thököly, jego małżonka Zuzanna Dóczy i 12 ich dzieci. Znajdziemy tu również nagrobek śląskiego szlachcica Krzysztofa Warkocza z Nebeszyc (zm. 1570 r.), którego Stefan Zápolya mianował starostą kieżmarskim oraz jego pierwszej żony, Katarzyny, córki Tomasza Tarczaya.
W czasach reformacji, kiedy całe miasto z mieszkańcami przeważnie niemieckiego pochodzenia przeszło na protestantyzm, kościół należał w latach 1531-1673 (a przejściowo również w latach 1678-1687 i 1705-1709) do ewangelików. W roku 1997 Papież Jan Paweł II nadał kościołowi tytuł bazyliki mniejszej.