Najwcześniejsze dowody na istnienie islamu na archipelagu pochodzą z XIII w. na północnej Sumatrze. Inne części archipelagu stopniowo przyjęły islam i pod koniec XVI wieku stał się dominującą religią na Jawie i Sumatrze. Islam mieszał się z istniejącymi wpływami kulturowymi i religijnymi, które ukształtowały dominującą formę islamu w Indonezji.
Kolonializm Od początku XVII wieku wyspy obecnej Indonezji były kolonizowane przez Europejczyków - przede wszystkim Holendrów, związanych z handlową Holenderską Kompanią Wschodnioindyjską (VOC), powstałą w 1602. Punktem, z którego wychodziły przedsięwzięcia Kompanii, stała się założona na Jawie faktoria w Batawii. Części wysp indonezyjskich były zajęte przez inne mocarstwa kolonialne, lecz w miarę upływu czasu Holendrzy skupili władzę zwierzchnią nad lokalnymi władcami. W 1799 Kompania Wschodnioindyjska została zlikwidowana, a jej kolonie zostały po wojnach napoleońskich podporządkowane rządowi Holandii, jako kolonia Holenderskie Indie Wschodnie. W latach 1825–30 miało miejsce powstanie ludności tubylczej na Jawie oraz walki na tle religijnym na Sumatrze (Wojna Padri). Pod koniec XIX wieku kolonie bardzo rozwinęły się gospodarczo.