Zakonnicy eskortowani przez żołnierzy carskich zostali odprowadzeni poza granice. Nie pozwolono im zabrać ze sobą cudownego obrazu. Pozostawili także cenną bibliotekę za którą wszelako zakon otrzymał odszkodowanie. Franciszkanie (bernardyni) powrócili do Smoleńska w 2 połowie XVIII wieku. W 1781 roku powstała wówczas następna placówka zakonna, lecz w innym miejscu. W tym czasie prowadzili duszpasterstwo parafialne. W 1838 roku zbudowali murowany kościół pw. Narodzenia N.M.P. Na skutek represji carskich placówka jednak powoli podupadała. Ostatnia wzmianka o franciszkanach w Smoleńsku w XIX wieku pochodzi z 1855 roku.
mały|lewo|Grobowiec na cmentarzu
Czasy obecne W 1992 roku do Smoleńska przybył o. Ptolomeusz Kuczmik, który podjął się zorganizowania od podstaw duszpasterstwa parafialnego przy dawnym kościele parafialnym z przełomu XIX/XX wieku. Obecnie parafia obejmuje całą gubernię Smoleńską i posiada kaplicę filialną w Wielkich Łukach. Szczególną troską klasztor otacza Polaków nawiedzających miejsce kaźni polskich oficerów w Katyniu. 21 września 1999 roku nastąpiło poświęcenie przez arcybiskupa metropolitę moskiewskiego – Tadeusza Kondrusiewicza odnowionego klasztoru z przylegającą do niego kaplicą publiczną. 23 maja 2007 roku prowincjał Ezdrasz Biesok reerygował w tym miejscu klasztor.