Od końca XIX w. dawny kościół pełnił funkcję magazynową. W latach 30. XX wieku w budowli mieściła się remiza straży pożarnej. Od 1930 roku pełnił funkcję obiektu magazynowego sprzętu przeciwpożarowego, spółdzielni rolniczej oraz sklepu meblowego. W 1997 roku podczas powodzi tysiąclecia, runęła wieża i część murów. Zachowane różne detale z poszczególnych etapów egzystencji, m.in. we wnętrzu zachowało się sklepienie sieciowe w nawie głównej z około 1500 roku. mały|Kościół św. Piotra i Pawła, lata 1910-1915 Od 2001 roku (m.in. z inicjatywy Stowarzyszenia na rzecz Ratowania Kościoła Pofranciszkańskiego w Brzegu) prowadzone są prace nad odbudową świątyni. Od 2003 roku właścicielem budowli jest archidiecezja wrocławska, która przejęła obiekt od miasta za symboliczną złotówkę. Na początku 2013 roku archidiecezja otrzymała potwierdzenie rezerwacji środków z programów pomocowych ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego na kwotę 1 700 000 złotych. Otrzymana kwota będzie przeznaczona na odbudowę dwukalenicowego dachu nad nawą główną oraz boczną świątyni, rekonstrukcję pierwotnego wyglądu fasady zachodniej oraz przywrócenie drożności gotyckich okien.