W 1924 r. rozpoczęła pracę w Krakowie w Instytucie Botanicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego jako asystentka prof. Władysława Szafera. W 1930 r. została docentką za pracę „Dinoflagellatae polskiego Bałtyku i błot nad Piaśnicą”. W latach 1930–1932 pełniła funkcję zastępcy profesora botaniki farmaceutycznej w Zakładzie Botaniki Farmaceutycznej UJ, zaś od 1932 była profesorem nadzwyczajnym. Pod jej kierunkiem specjalizował się m.in. Adam Bursa.

Podczas niemieckiej akcji pacyfikacyjnej tzw. Sonderaktion Krakau, przeprowadzonej w Krakowie 6 listopada 1939 r., uniknęła aresztowania. Została zwolniona do domu razem z Heleną Willman-Grabowską, również profesorką UJ. Chociaż w czasie II wojny światowej UJ był zamknięty, zorganizowano nauczanie na Tajnym Uniwersytecie Jagiellońskim. Wśród 140 naukowców prowadzących zajęcia była także Wołoszyńska. Jednym z jej studentów był wówczas Jerzy Czosnowski, późniejszy botanik i profesor zwyczajny na Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.

W 1946 r. mianowano ją profesorem zwyczajnym. W 1950 r. katedrę botaniki farmaceutycznej wcielono do Akademii Medycznej w Krakowie, gdzie pracowała do śmierci w 1951 r.

Miejscem spoczynku Jadwigi Wołoszyńskiej jest cmentarz Rakowicki w Krakowie (kw. Ab, rz. płd., gr. 6). mały|Grób prof.