Po powrocie do kraju kontynuował pracę w Lublinie, został też doradcą władz edukacyjnych Królestwa Polskiego i Rządowej Komisji Spraw Wewnętrznych w sprawie nowych metod pedagogicznych. W 1820 Stanisław Staszic mianował go organizatorem szkół lankastrowskich i niedzielnych. W 1823 przeniósł się do Warszawy. Pracował jako wykładowca chemii w Szkole Wojskowej Aplikacyjnej oraz Szkole Zimowej Artylerii w Warszawie. W 1825 mianowano go członkiem Rady Politechnicznej. Należał też do Rady Uniwersytetu Warszawskiego, a w 1829 został inspektorem generalnym Uniwersytetu Warszawskiego. W latach 1833–1839 radca etatowy Rady Wychowania Publicznego.
Członek Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Lublinie, Warszawskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk (od 1822) oraz Towarzystwa Elementarnego (od 1823).
Zasługą Jana Kantego Krzyżanowskiego jest wprowadzenie do Polski metody wzajemnego uczenia się (Lankastra) oraz urządzenie szkoły rzemieślniczej niedzielnej w Lublinie.
Zmarł 2 grudnia 1854 w Warszawie. Pochowano go we wspólnym grobowcu z żoną Zuzanną Arnoldówną (zm. 1848) na Powązkach.
Publikacje naukowe Był encyklopedystą.