1/8 finału Pierwsze mecze rozegrane zostały w dniach 11-13 grudnia 2012, poza meczem Eibar z Málagą, który odbył się 18 grudnia 2012. Mecze rewanżowe miały miejsce w okresie 8-10 stycznia 2013 roku. Jeżeli pary zawierały drużynę z niższego poziomu rozgrywkowego, to na jej boisku był grany pierwszy mecz.
Pierwsze mecze
Rewanże
Ćwierćfinały Pierwsze mecze gran były 15-17 stycznia 2013 roku, natomiast rewanże w dniach 23-24 stycznia 2013.
Pierwsze mecze
Rewanże
Półfinały Pierwsze mecze zostały rozegrane 30-31 stycznia 2013 roku, natomiast rewanże 26-27 lutego 2013 roku.
Pierwsze mecze
Rewanże
Finał Pierwotnie finałowe spotkanie miało zostać rozegrane na neutralnym stadionie, ale ostatecznie pomysł upadł. Atlético chciało to spotkanie zorganizować na Vicente Calderón, jednakże Santiago Bernabéu może pomieścić o wiele więcej kibiców i to ostatecznie zadecydowało o lokalizacji. Początkowo finał miał zostać rozegrany 18 maja 2013 roku, jednakże publiczny nadawca TVE tego dnia nada finał Eurowizji i z tego też powodu finał przesunięto na dzień wcześniej.