Nebe jako szef Kripo jest odpowiedzialny za zbrodnie popełnione przez tę instytucję. W szczególności uczestniczył on w organizowaniu terroru w krajach okupowanych, eksterminacji Żydów i Cyganów oraz przeprowadzaniu eksperymentów pseudomedycznych na więźniach obozów koncentracyjnychNp. przy próbach przeprowadzanych przez Wilhelma Beiglböcka z wodą morską zaproponował użyć do tego aspołecznych mieszańców cygańskich w obozie koncentracyjnym Oświęcim. S. Sterkowicz, Zbrodnie hitlerowskiej medycyny, Warszawa: „Bellona”, 1990, , s. 141.. Nebe był także od początku związany z akcją T4 (polecił m.in. swojemu podwładnemu, dr. , by pomógł Kancelarii Rzeszy w opracowaniu najlepszej metody zabijania umysłowo chorych i inwalidów). W marcu 1944, po tzw. Wielkiej Ucieczce alianckich jeńców wojennych ze Stalagu w Żaganiu, na rozkaz Heinricha Müllera (szefa Gestapo), Nebe wyselekcjonował 50 z 73 schwytanych jeńców w celu dokonania ich egzekucji.