Za zbrodnie popełnione na narodzie polskim Fischer został skazany przez podziemny sąd na karę śmierci. Jego nazwisko znajdowało się na pierwszym miejscu na liście nazistowskich funkcjonariuszy przeznaczonych do eliminacji przez grupy szturmowe AK w ramach tzw. akcji Główki. W marcu 1943 członkowie Kedywu OW AK nadali na Poczcie Głównej dziewięć paczek zawierających bomby zegarowe, z których jedna była zaadresowana do Fischera. Jej wybuch w siedzibie gubernatora w pałacu Brühla spowodował śmierć jednego i ranienie innego funkcjonariusza urzędu. Rok później (8 stycznia 1944) jego samochód został ostrzelany przez członków batalionu „Zośka” w akcji Polowanie, jednak Fischerowi udało się ujść z życiem.
W czasie powstania warszawskiego, podczas ewakuacji 9 sierpnia 1944 z pałacu Brühla, Fischer dostał się pod powstańczy ostrzał i został ranny. Jego zastępca, Herbert Hummel został zabity.
Po upadku powstania Fischer, jako szef administracji cywilnej, współdziałał z administracją wojskową w burzeniu i plądrowaniu miasta. Był odpowiedzialny za fatalne warunki panujące w obozie przejściowym dla warszawskiej ludności cywilnej w Pruszkowie.