Po powrocie do Polski w 1541, pod naciskiem ojca, przyjmuje święcenie kapłańskie z rąk znajomego biskupa lwowskiego Piotra Starzechowskiego. W 1543 roku jako kanonik przemyski został ekskomunikowany przez biskupa Stanisława Tarłę za posiadanie wielu niezgodnych ze sobą beneficjów bez dyspensy Stolicy Apostolskiej oraz za nieobecność na synodzie diecezjalnymJulian Bukowski, Dzieje reformacyi w Polsce od wejścia jej do Polski aż do jej upadku. T. 2, Kraków 1886, s. 34.. Wyrok został później cofnięty, dzięki wstawiennictwu prymasa Piotra Gamrata. W 1547 nowy biskup przemyski Jan Dziaduski oskarżył Orzechowskiego o utrzymywanie błędów Rusi, gorszącego życia, książki na bezżeństwo kapłańskie. W tym czasie jego nieformalną żoną była niejaka Anna Zaparcianka, z którą miał potomstwo. Po pisemnym oświadczeniu wierności nauce Kościoła, wrócił chwilowo do łask. W 1549 zrzeka się probostwa w Żurawicy, rok później probostwa w Sanoku oraz kanonii przemyskiej. W 1550 urządza wesele w rodzinnej posiadłości ks. Marcinowi Krowickiemu. W zapusty 1551 sam żeni się w Lścinie z 16-letnią szlachcianką Magdaleną Chełmską. Pomimo wcześniejszego zrzeczenia się tytułów kościelnych, biskup Dziaduski ekskomunikuje Orzechowskiego, skazując na utratę dóbr oraz wygnanie z diecezji.