W 1781 Austria przekazała Portugalii leżącą u wybrzeży Mozambiku zatokę Maputo (Delagoa).
W 1801 rządzący Hiszpanią Manuel Godoy wkroczył do Portugalii w porozumieniu z Napoleonem. Jeszcze w tym samym roku Hiszpanie zostali jednak zmuszeni do odwrotu. Mimo tego w traktacie podpisanym w Badajoz 6 czerwca królowa oddawała Hiszpanii Olivenza i część Gujany. Królowa cierpiała na manię religijną i melancholię. Po roku 1799 nie była już w stanie zajmować się sprawami państwowymi i regentem został jej syn Jan.
w Brazylii W 1807 odmowa przystąpienia do kontynentalnej blokady Wielkiej Brytanii ściągnęła na kraj ponowną inwazję hiszpańsko-francuską pod dowództwem marszałka Junota. W jej obliczu członkowie dynastii wyjechali do Brazylii 3 listopada, zaś Napoleon mianował Junota gubernatorem. 1 sierpnia 1808 generał Arthur Wellesley wylądował w Lizbonie z kontyngentem wojsk brytyjskich rozpoczynając wojnę na Półwyspie Iberyjskim. 21 sierpnia pokonał Junota w bitwie pod Vimeiro, odcinając Francuzom drogę odwrotu. Zostało to zaprzepaszczone w ugodzie z Sintry (30 sierpnia). Wkrótce Wellesley już jako lord Wellington powrócił do Portugalii 22 kwietnia 1809 i wznowił kampanię. Wojska portugalskie pod brytyjskim dowództwem wyróżniły się broniąc linii Torres Vedras (1809-1810), a następnie w inwazji na okupowaną Hiszpanię.