W XV wieku Karniowice należały do dwóch właścicieli. Wiadomo, że w roku 1470 jedna część wsi była własnością kustosza kolegiaty św. Idziego w Krakowie. Druga część wsi w 1469 roku należała do Dobiesława Kmity z Wiśnicza, kasztelana lubelskiego. 12 maja 1624 roku dzięki staraniom dziedzica Karniowic Jerzego Pipana doktora medycyny i prawa, rajcy krakowskiego, lektora uniwersytetu krakowskiego i padewskiego poświęcono wybudowaną w ogrodzie na wzgórzu kaplicę pod wezwaniem św. Marii Magdaleny. W 1666 roku ks. Stanisław z Brzezia Wojeński kanonik krakowski ówczesny dziedzic z Karniowic odnowił kaplicę. Karniowice przechodziły później prawem sukcesji lub kupna do: Morsztynów, Ossolińskich, Meciszewskich i Bartynowskich. W 1836 roku kupił je Stanisław z Mieroszewic Miroszewski, były marszałek powiatu krakowskiego i poseł do rady państwa. Zastał on w kaplicy skład siana, a mszy św. już od kilkunastu lat nie odprawiano. Odnowił kaplicę, wewnątrz postawił posągi ewangelistów i nowy obraz Matki Boskiej Częstochowskiej. W 1860 roku uzyskał pozwolenie na odprawianie tam mszy św. W 1878 roku hrabia Sobiesław Mieroszewski postarał się o odnowienie odpustu, który corocznie odbywał się w dniu 18 listopada.