Według późniejszych oskarżeń, pomimo współpracy z amerykańską Administracją Legalnego Obrotu Lekarstw, wspomagał jednocześnie handlarzy narkotyków.

W późnych latach 80. zaczął przeciwstawiać się polityce realizowanej przez amerykańskie agencje, które wyniosły go do władzy. Rozpoczął współpracę z kubańskim rządem Fidela Castro, z którym wcześniej prowadził już interesy gospodarcze, będąc nieoficjalnym pośrednikiem Stanów Zjednoczonych w handlu z wyspąColtman, Leycester (2003). The Real Fidel Castro s. 255, 267–268. New Haven and London: Yale University Press. . Dziesięć lat po schwytaniu Noriegi przez Amerykanów wyszła na jaw sprzedaż Kubie tajnych dokumentów amerykańskiej Agencji Bezpieczeństwa Narodowego; okazało się, że współpracował również z Układem Warszawskim, przekazując zachodnie technologie wojskowe. Na tym procederze zarobił blisko 3 mln USD. Rozpoczęcie współpracy z Kubą spowodowało oskarżenie go przez Amerykanów o chęć budowy osi Kuba, Panama, NikaraguaMaciej Stasińsk: Panama boi się powrotu Manuela Noriegi. Gazeta Wyborcza..