Składają się na nie różne wiązania niekowalencyjne, podobnie jak przy innych rodzajach ligandów (jakichkolwiek atomów, jonów czy cząsteczek, które wiążą się z receptorem, wykazując przy tym jakiś stopień swoistości czy siły wiązania), swoistość wiązania nie wynika ze sztywnego dopasowania w rodzaju klucza i zamka, lecz wymaga raczej niewielkich zmian konformacyjnych paratopu i epitopu przy wejściu w interakcję.
Swoiste rozpoznanie epitopu przez limfocyty B thumb|300px|left| Rozpoznanie epitopów konformacyjnych przez limfocyty B. Fragmenty znacznie oddalone od siebie na poziomie struktury pierwszorzędowej zbliżyły się do siebie w trójwymiarowej strukturze trzeciorzędowej i stały się częścią jednego epitopu Na ilustracji po lewej stronie poszczególne segmenty tworzące epitop przedstawione są jako ułożone kolinearnie, czyli jako elementy jednej sekwencji. Jest to jednak uproszczony obraz sytuacji (rozpoznania antygenu przez limfocyt B). Epitopy, które funkcjonują w ten sposób określa się jako sekwencyjne lub liniowe, a takie rozpoznanie jest możliwe jedynie w przypadku niewielkich peptydów (o długości około sześciu-ośmiu aminokwasów) i jest wykorzystywane przez limfocyty T.