Instytut ma główną siedzibę w Warszawie przy ul. Kozielskiej (dzielnica Wola-Koło) oraz Puławach przy ul. Lubelskiej 2 zlokalizowany jest Ośrodek Diagnostyki i Zwalczania Zagrożeń Biologicznych.
Tradycje i historia(prac zbior.) 65 lat Wojskowego Instytutu Higieny i Epidemiologii im. gen. Karola Kaczkowskiego, Wydawnicto BEL Studio Sp.z o.o., Warszawa 2010, Patron lewo|mały|Gen. Karol Kaczkowski (ok. 1834r.) Profesor medycyny Karol Kaczkowski (1797-1867) lekarz i epidemiolog, w okresie powstania listopadowego wraz ze studentami medycyny Uniwersytetu Warszawskiego ochotniczo wstąpił do wojska i zorganizował pierwsze zwarte oddziały medyczne, stworzył etapowy system pomocy medycznej rannym: od pola walk do szpitala. Mianowany Naczelnym Lekarzem Wojska Polskiego. W obliczu przywleczonej przez wojska rosyjskie , generał opracował skuteczne procedury leczenia i zapobiegania szerzeniu się tej choroby (m.in. izolacja pacjentów, dezynfekcja z wykorzystaniem chloru).