W 1943 zamieszkał w rejonie Beratu. Tam też doszło do pierwszych kontaktów Moisiu z przedstawicielami Armii Wyzwolenia Narodowego. Wkrótce zaproponowano mu stopień generała i stanowisko Komendanta Sztabu Głównego Armii Wyzwolenia Narodowego, które przyjął i uczynił z rozproszonych i niezdyscyplinowanych oddziałów jednolicie dowodzoną i zreorganizowaną armię partyzancką. Jej sprawności dowiodły walki z niemieckimi ofensywami przeciwpartyzanckimi zimą 1943/44.
W maju 1944 otrzymał awans na stopień generała-majora. Po wyzwoleniu kraju w listopadzie 1944, przez podległe mu jednostki, Moisiu był przeciwnikiem restrukturyzacji armii albańskiej według modelu jugosłowiańskiego. Oskarżany o kontakty z antykomunistyczną grupą deputowanych do parlamentu, w 1946 stanął przed sądem wojskowym, oskarżony o przygotowywanie zamachu stanu. Moisiu po raz kolejny został zdegradowany i usunięty ze służby. Powrócił do armii po 1948, kiedy doszło do zerwania współpracy albańsko-jugosłowiańskiej i objął stanowisko komendanta garnizonu w Tiranie. W armii służył do 1965, kiedy przeszedł na emeryturę.
W życiu prywatnym był żonaty (żona Aspasia), miał troje dzieci (Alfred, Jolanda i Arqile).