Zgodnie z Konstytucją Białorusi z 1994 roku jego mandat deputowanego do Rady Najwyższej zakończył się 9 stycznia 2001 roku; kolejne wybory do tego organu jednak nigdy się nie odbyły.
W 1997 roku został przewodniczącym Białoruskiego Stowarzyszenia Euroatlantyckiego. 15 kwietnia 2000 roku, na pierwszej sesji V zjazdu ZPO został wybrany przewodniczącym partii, na miejsce odchodzącego prof. Stanisłaua Bahdankiewicza, który z kolei został przewodniczącym honorowym.
W kwietniu 2005 roku brał udział w procedurze wyboru wspólnego kandydata białoruskiej opozycji demokratycznej w wyborach prezydenckich w 2006 roku (kandydatem został wówczas wybrany Alaksandr Milinkiewicz). 12 października Anatol Labiedźka został wybrany przez Radę Polityczną Sił Demokratycznych na stanowisko przewodniczącego Komitetu Narodowego, zwanego początkowo gabinetem cieni. Od maja 2007 roku pełni funkcję współprzewodniczącego Rady Politycznej Zjednoczonych Sił Demokratycznych, odpowiadając za opracowanie podstawowych dokumentów strategicznych organizacji.