Podczas I Wojny Światowej posługiwał jako kapelan wojskowy. W roku 1915 zwrócił uwagę na sprawę około 20 000 dzwonów kościelnych, ewakuowanych z ziem polskich przez władze rosyjskie na początku wojny. Wydział Opieki nad Zabytkami przy Komitecie Polskim w Moskwie nie mógł podołać zadaniu rejestracji tak ogromnej liczby obiektów, znajdujących się w różnych miejscach Rosji. Ksiądz Jozafat za zezwoleniem ks. bpa Cieplaka wygłaszał kazania, w których nawoływał lud do składania ofiar na ratowanie dzwonów. Przemierzył ogromne odległości, aby za uzbierane pieniądze dokończyć dzieła katalogowania tych zasobów.
Wytężona praca nadwątliła jego zdrowie. Jakiś czas dla oszczędności mieszkał pod Moskwą w Pietrowskoje i codziennie piechotą przychodził do miasta, gdzie też ostatecznie zamieszkał u p. Włodzimierza Dypczyńskiego. Zmarł 19 kwietnia 1919 roku na tyfus. Dzieła Ksiądz Fryderyk Józefat Żyskar. Polacy w rozproszeniu. Tułacz tułaczom poświęca. Wspomnienia z piętnastu lat prac kapłańskich w Cesarstwie. Petersburg. 1909. Ks. Józefat Żyskar. Obrazki z Syberyi. // Przegląd Katolicki. Nr Nr 3, 4, 5, 8, 17, 19 zа 1912 r. Wspomnienia z pielgrzymki z mohylewskiej archidiecezyi do Częstochowy w 1912 r. Zebrał z osobistych wrażeń i streścił z pism na prośbę pielgrzymów ks. Żyskar. Warszawa. 1912. ks. Żyskar J. F.