W 1990 został awansowany na dowódcę tej brygady.
Wojna w Bośni i Hercegowinie Po ogłoszeniu przez Bośnię i Hercegowinę niepodległości, w połowie 1992 roku postanowił wrócić w rodzinne strony i dołączyć do wojsk bośniackich Serbów. Ówczesny podpułkownik Krstić został dowódcą 2. Brygady Zmechanizowanej stacjonującej w Sokolacu, w etnicznie serbskiej części przedmieść Sarajewa. 15 sierpnia 1994 został awansowany na szefa sztabu Armii Driny, jednego z głównych zgrupowań bojowych wojsk Republiki Serbskiej.
Wypadek 29 grudnia 1994 podczas inspekcji podległych sobie wojsk nadepnął na minę przeciwpiechotną, wskutek czego został ciężko ranny. 3 stycznia 1995 opiekujący się nim lekarze w szpitalu w Sokolacu podjęli decyzję o amputacji prawej nogi poniżej kolana. Kolejne miesiące spędził w szpitalach wojskowych w Meljine w Czarnogórze oraz w Belgradzie, skąd został wypisany na własne żądanie w kwietniu 1995. W połowie maja 1995 uznano, że jego stan zdrowia pozwala na powrót do czynnej służby wojskowej, wobec czego odzyskał swoje stanowisko zajmowane przed wypadkiem.