Ponadto przebudowa obejmuje także stworzenie ośrodka poziomego montażu rakiet, podobnego do istniejącego w wynajmowanym przez SpaceX zakładzie w Bazie Lotniczej Vandenberg, co jest znaczącą różnicą w porównaniu do stosowanego przez NASA pionowego montażu promów kosmicznych oraz rakiet z programu Apollo. Jednocześnie zamontowane zostaną nowe systemy kontroli oraz systemy hydrauliczne przeznaczone dla różnorodnych rakiet. Dla misji wojskowych startujących ze Stanowiska 39A rakiety będą montowane pionowo, zgodnie z wymaganiami kontraktu z Siłami Powietrznymi USA. Pierwszy start rakiety Falcon 9 z wyrzutni LC-39A miał miejsce 19 lutego 2017, kiedy to został wystrzelony statek zaopatrzeniowy Dragon CRS-10, będąc jednocześnie pierwszym startem po ostatnim wahadłowcu wystrzelonym w 2011 roku.
Stanowisko 39A ma służyć do startów rakiet wynoszących astronautów w kapsułach Dragon w ramach partnerstwa prywatno-publicznego z NASA. Plany NASA z kwietnia 2014 roku, przewidują pierwsze misje załogowe w 2018 roku.