Przed okryciem przez Europejczyków w 1836 tereny te były zamieszkiwane przez aborygeńskie plemiona Barngarla (Parnkalla). Pierwotna nazwa była Galinyala„Professor Ghil'ad Zuckermann, Chair of Linguistics and Endangered Languages at the University of Adelaide [...] told NITV: 'I urge Australia to define the 330 Aboriginal languages, most of them sleeping beauties, as the official languages of their region. [Australia should] introduce bilingual signs and thus change the linguistic landscape, of this beautiful country. So, for example, Port Lincoln should also be referred to as Galinyala, which is its original Barngarla name '”, Sophie Verass (NITV), Indigenous meanings of Australian town names, 10 August 2016.. Zatoka została odkryta przez angielskiego odkrywcę i podróżnika Matthew Flindersa i nazwana Port Lincoln na cześć jego rodzinnego miasta Lincoln, stolicy Lincolnshire. Uważa się, że tylko brak stałego źródła słodkiej wody sprawił, iż to właśnie tam nie umiejscowiono stolicy Australii Południowej (którą później zostało Adelaide).