Katedrą Chemii Fizycznej na Wydziale Przyrodniczym UMCS kierował przez 35 lat, a Katedrą Chemii Nieorganicznej i Analitycznej na Wydziale Farmaceutycznym AM przez 18 lat. W latach 1957–1961 kierował ponadto Zakładem Chemii Ogólnej na Wydziale Lekarskim AM i w latach 1980–1983 – nową Pracownią Technologii Światłowodów. Pod opieką Andrzeja Waksmundzkiego tytuł magistra uzyskało ponad 500 studentów, a doktorat 43 magistrów. Wielu wychowanków Andrzeja Waksmundzkiego uzyskało później habilitacje i tytuły profesora (według informacji lubelskiego oddziału PAN – 22 doktorów habilitowanych i 17 profesorówLiczba wychowanków Andrzeja Waksmundzkiego, którzy uzyskali stopnie profesora lub habilitacje, prawdopodobnie wzrosła od chwili opublikowania cytowanych danych.). W 1980 r. przeszedł na emeryturę i został zatrudniony w UMCS jako profesor emeritus (½ etatu).