Dochodzi do ataku, ale dowódca G.I. Joe, Duke za pomocą przekaźnika aktywuje automatyczny system obrony, który odpiera atak wroga. Wielki Wąż zostaje schwytany, a resztki jego oddziałów kierowane przez Dowódcę Kobry wycofują się w góry. Za uciekinierami zostaje wysłana grupa kapitana Roadblocka, ale wpada w zasadzkę Kobry–La, której przewodzi Golobulus. Dowódca jego straży, Mściciel na rozkaz Pytony zatrzymuje Wodza Kobry, który ma zostać osądzony za swoje niepowodzenia. Reszta udaje się do wnętrza ogromnej, lodowej kopuły, w której mieści się cywilizacja Kobry–La. Golobulus ujawnia, że 40 000 lat temu to ona władała Ziemią, jednak zniszczyła ją epoka lodowcowa, a ci którzy przetrwali schronili się w Himalajach. W tym czasie ludzie stworzyli własną cywilizację i zdominowali Ziemię. Golobulus poprzysiągł, że ją zniszczy i przez wieki potajemnie odbudowywał swoje społeczeństwo. W końcu odkrył arystokratę, który pracował nad bronią biologiczną masowej zagłady wywołującą mutacje. I choć sam został oszpecony przez wypadek w laboratorium, Golobulus mianował go Dowódcą Kobry, który miał zdobyć dla niego świat.