Początkowo program nauczania oparty był na wzorach francuskich. Olbrzymi wpływ na proces kształcenia miała francuska misja wojskowa, a szczególnie płk Ludwik Faury. W latach 1928–1939 komendantem WSWoj był generał Tadeusz Kutrzeba.
15 grudnia 1920 Minister Spraw Wojskowych przekazał „ogólne kierownictwo Szkołą Sztabu Generalnego i wszystkie z nią związane sprawy Szefowi Sztabu Generalnego”Dziennik Rozkazów Wojskowych z 21 grudnia 1920 r. Nr 48.. W sprawach kwaterunkowych, gospodarczych, sanitarnych i dyscypliny szkoła podlegała dowódcy Okręgu Korpusu nr I.
W pierwszej dekadzie marca 1923 do dawnych rosyjskich koszar artylerii przy Filtrach przy ul. Koszykowej 79 róg Suchej (dziś Krzywickiego), przeniesiono siedzibę szkoły z tymczasowej siedziby przy al. J.Ch. Szucha 23 i z koszar kawalerii przy ówczesnej Huzarskiej 1/5, z wyjątkiem kursów doszkalających, które do 1925 prowadzono w gmachu Szkoły Podchorążych Piechoty, Al. Ujazdowskie 1/7.