Sposób działania Procedury stosowane przez inkwizycję sycylijską były tożsame z tymi, jakie stosowała inkwizycja hiszpańska. W ciągu 62 lat swej samodzielności przeprowadziła ona ponad 200 procesów i dokonała trzech egzekucji in persona (dwie w 1724 i jedną w 1732) oraz jednej in effigie (w 1731 roku)Lea, s. 40-41, 43; Del Col, s. 243; Franchina, s. 53-56..
Inkwizytorzy generalni Sycylii thumb|150px|Herb kard. Sigismunda von Kollonitscha, inkwizytora generalnego Sycylii w latach 1728–34 Na czele inkwizycji stał inkwizytor generalny (zawsze w randze biskupa lub arcybiskupa), który stał na czele Rady Inkwizycji i wraz z nią sprawował nadzór na działalnością inkwizytorów Palermo oraz sycylijskich sądów diecezjalnych w sprawach wiary (in causa fidei)Bethencourt, s. 427; Del Col, s. 245; por. .. Inkwizytora generalnego zawsze mianował papież, ale na wniosek królaLea, s. 42-43; Bethencourt, s. 427; Del Col, s. 245.. Funkcję tę sprawowali kolejno: Inkwizytorzy generalni z siedzibą w WiedniuOficjalnie tytułowani jako inkwizytorzy generalni Hiszpanii.: Juan Navarro OdeM, bp Albarracin (1720 – 1728)Lea, s. 40; Ritzler, V, s. 74; Franchina, s. 88. Sigismund von Kollonitsch, kardynał i abp Wiednia (27 listopada 1728 – 1734)Ritzler, V, s. 37, 414;