Franchina, s. 13-38. W okresie władzy dynastii sabaudzkiej (1713–1720) sycylijski trybunał pozostawał zależny od Rady Inkwizycji w Madrycie, zob. Lea, s. 40..
Początkowo inkwizycja sycylijska działała formalnie jako "inkwizycja hiszpańska na uchodźstwie", gdyż Habsburgowie austriaccy rościli sobie pretensje do tronu hiszpańskiego. Od 1711 roku cesarz Karol VI Habsburg wyznaczał inkwizytora generalnego Hiszpanii z siedzibą w Wiedniu, w opozycji do inkwizytora generalnego rezydującego w Madrycie pod rządami Filipa V BurbonaW latach 1711–15 "wiedeńskim" inkwizytorem generalnym był kardynał Benito de Sala y de Caramany OSBCas, bp Barcelony, a od 1715 roku Juan Navarro OdeM, bp Albarracin.. Wiedeński inkwizytor generalny nie miał początkowo żadnej realnej władzy nad trybunałami inkwizycyjnymi, jednak począwszy od roku 1720 podporządkowano mu trybunał działający na SycyliiLea, s. 42-44; Bethencourt, s. 427; Franchina, s. 37-39..
W 1734 roku Sycylia przeszła pod władzę Burbonów i stała się w pełni niezależnym państwem. W rezultacie w 1738 roku papież Klemens XII uznał niezależność sycylijskiej inkwizycji od jakiejkolwiek zagranicznej władzy.