Budowę rozpoczęto jeszcze 1 sierpnia 1745 rokuDaty z okresu Imperium Rosyjskiego podane w Starym Stylu., a uroczystej konsekracji dokonano 13 listopada 1747 r. Metropolita syberyjski i tobolski Antoni erygował nową parafię, która obejmowała swoją jurysdykcją północno-zachodnie tereny miasta.

Pośpieszna konsekracja sprawiła, że przez pierwsze kilka lat nabożeństwa odbywały się w nie w pełni jeszcze ukończonej świątyni. Prace wykończeniowe trwać miały do 1752 r. W 1748 r. uruchomiono przycerkiewny cmentarz, a kolejne dwa lata zajęło pisanie ikon do ikonostasu. Wykonał je osiedleniec Piotr Michajłow. Szybko okazało się, że nowa cerkiew nie jest w stanie pomieścić wszystkich wiernych, chcących brać udział w nabożeństwach. W 1755 r. cerkiew została powiększona o dodatkową kaplicę, którą dedykowano Apostołom Piotrowi i Pawłowi. W międzyczasie rozpoczęła się budową nowej, tym razem murowanej, cerkwi św. Katarzyny, która ostatecznie została ukończona w 1767 r. Wkrótce podjęto decyzję o zastąpieniu drewnianej cerkwi Bogojawleńskiej, budowlą wykonaną z kamienia. W 1770 r., dobudowana przed piętnastoma latami, kaplica Świętych Piotra i Pawła została rozebrana.