Pierwsza prowincją, do której zawitał, były Prusy, gdzie 1 października 1251 odnowił zniszczony akt lokacyjny Torunia i Chełmna. Zapoznawszy się z trudnościami w funkcjonowaniu państwa zakonnego w Prusach, Eberhard nie zdecydował się rozwiązać ich osobiście, tylko zwrócił się o pomoc do przebywającego w Akce wielkiego mistrza. Posłaniec, w osobie brata Ottona, z Ziemi Świętej powrócił ze zbiorem statutów regulujących funkcjonowanie nowej prowincji oraz jej powiązań z najwyższymi władzami zakonnymi, które swą siedzibę miały w Wenecji. Eberhard von Sayn otrzymane statuty ogłosił, najprawdopodobniej na początku 1252 roku. Kolejnym etapem misji Eberharda były Inflanty, gdzie przebywał od lata 1252 do wiosny 1254 roku. W tym czasie doprowadził do uporządkowania stosunków między zakonem krzyżackim a miejscowymi biskupami: ryskim, ozylskim dorpackim oraz kurlandzkim. Przyczynił się też do powstania kłajpedzkiego zamku, a także stanął na czele, co najmniej jednej, zbrojnej wyprawy przeciwko Żmudzinom.