W 1953 roku belgijski rezydent Robert Schmidt zaproponował nawet detronizację Mwambutsy i osadzenie na tronie księcia Pierre’a Baranyanki z klanu Batare – długoletniego rywala Mwambutsy, a zarazem najwierniejszego sojusznika Belgii w Burundi. Projekt ten nie uzyskał jednak poparcia ministerstwa do spraw kolonii, a sam Schmidt został wkrótce zdymisjonowany.
Najstarszy syn Mwambutsy, książę Louis Rwagasore, założył w 1957 roku Partię Jedności i Postępu Narodowego Burundi (Parti de l’Union et du Progrès National – UPRONA), która stała się wkrótce najsilniejszym ruchem niepodległościowym w Burundi, a we wrześniu 1961 odniosła zdecydowane zwycięstwo w wyborach do Zgromadzenia Ustawodawczego.
Niepodległe Burundi 1 lipca 1962 Burundi rozpoczęło niepodległy byt jako monarchia konstytucyjna. Od samego początku kraj trapiła polityczna niestabilność, narastały również antagonizmy etniczne. Śmierć księcia Rwagasore, zabitego w zamachu tuż po zwycięskich wyborach, pozbawiła Burundi charyzmatycznego przywódcy oraz spowodowała rozpad UPRONA i paraliż prac rządu13 października 1961 książę Louis Rwagasore został zamordowany przez greckiego zabójcę, wynajętego przez przywódców konkurencyjnej Parti Démocrate Chrétien. Wiele dowodów wskazuje, że za jego zabójstwem mogła stać również belgijska administracja kolonialna. Patrz: ..