29: 202–10.. W 1938 został podpułkownikiem korpusu medycznego.
W 1939 roku, po wybuchu II wojny światowej, przeniósł się do okupowanej Łodzi, gdzie został dyrektorem Instytutu Patologii, znajdującego się niedaleko getta Litzmannstadt. Podejrzewa się, między innymi, że przeprowadzał sekcje zwłok więźniów, którym wstrzykiwano tlen do naczyń, aby wywołać zator powietrznyFeder BJ. A Nazi past cast a pall on name of a disease „The New York Times” 22 stycznia 2008.. Brak jednak dowodów, że uczestniczył w przeprowadzaniu eksperymentów medycznych.16 maja 1944 polskie władze złożyły w Komisji Narodów Zjednoczonych do spraw Zbrodni Wojennych wniosek o ściganie Friedricha Wegenera, jednak nigdy nie był poszukiwany.
Po ogłoszeniu przez Niemcy kapitulacji dostał się do niewoli amerykańskiej i brytyjskiej, z której został uwolniony latem 1945. Do 1947 pracował jako robotnik rolny. W 1948 otrzymał stanowisko asystenta, a następnie lekarza, na Akademii Medycznej w Lubece. W 1970 przeszedł na emeryturę.
Dorobek naukowy Oprócz opisania ziarniniakowatości z zapaleniem naczyń miał wiele publikacji naukowych, w tym na temat objawów w żeńskich narządach płciowych w białaczce i w guzkowym zapaleniu tętnic, ostrego stłuszczenia wątroby w czasie ciąży, sztucznych pośmiertnych zatorów tłuszczowych.