Wnętrze kościoła kryte było pierwotnie stropem, ale w 1924 roku przesklepione zostało kolebką z lunetami.
Ołtarz główny pochodzi z XVI wieku i stanowi fundację biskupa Miaskowskiego. W głębi ołtarza znajduje się obraz malowany na desce, przedstawiający Chrystusa ukrzyżowanego oraz Najświętszą Marię Pannę i Marię Magdalenę, zaś pośrodku wizerunek klęczącego fundatora kościoła – biskupa Hieronima Rozdrażewskiego. Ołtarz zbudowany został w stylu późnorenesansowym z drzewa modrzewiowego (renesans niemiecki). Stalle renesansowe pochodzą z 1630 roku, a odnowione zostały w 1865 roku. Obrazy w stallach i obraz Wszystkich Świętych na zasuwie przy głównym ołtarzu zostały namalowane w 1830 roku przez Adama Malinowskiego. W prawej części kościoła znajduje się ołtarz barokowy z XVII wieku przedstawiający Matkę Bożą Śnieżną. W lewej części świątyni usytuowany jest barokowy ołtarz z XVIII wieku, przedstawiający Świętego Józefa na łożu śmierci w srebrnych sukienkach rokokowych gdańskiej roboty z XVIII wieku. Na ścianach natomiast znajdują się neorenesansowe płaskorzeźby z glinki terakotowej, przedstawiające czternaście stacji drogi krzyżowej. Tęcza (zwana łukiem) łącząca dwa boczne ołtarze pochodzi z XVII wieku.