W latach 40. XX w. wspólnota liczyła ok. 80 000 osób. Społeczność ta wniosła ważny wkład w modernizację ekonomiczną kraju. Mimo rozwoju syjonizmu w sąsiednim Brytyjskim Mandacie Palestyny, wyraźna większość nie była nim zainteresowana. Jednak od lat 30. organizacje panarabskie i islamskie kolektywnie oskarżały egipskich Żydów o bycie „piątą kolumną syjonizmu” i nawoływały do bojkotu żydowskich usług. W listopadzie 1945 wiec Bractwa Muzułmańskiego w Kairze przeobraził się w pogrom. Zamieszki wybuchły również w Aleksandrii. Ekscesy zostały jednak publicznie potępione.
W maju 1948 podczas tłumienia przez rządzącą partię Wafd demonstracji opozycji internowano ok. 1600 osób, z których znaczna część była Żydami. Po raz pierwszy władze wprowadziły prawo sekwestracji, czyli przejmowania kontroli nad mieniem (lub firmą) zarówno osoby internowanej, jak i będącej pod obserwacją. Z braku ograniczeń prawo stosowano uznaniowo. Po zmianie rządu i rozejmie z Izraelem sekwestrację zawieszono. Od maja 1948 do stycznia 1950 wyemigrowało z Egiptu 20 000 Żydów, zaś do wojny sueskiej do Izraela wyjechało dodatkowo 14 200 osób.