W maju 1947 r. został zastępcą dowódcy oddziału Juliana Rejmaka (ps. Julka). Ponieważ był już bardzo intensywnie poszukiwany przez UB to opuścił Zamojszczyznę i od tego czasu często zmieniał miejsce pobytu, przemieszczając się głównie po zachodniej Polsce. Na krótko zatrzymywał się w Zakopanem, Wrocławiu, Wałbrzychu, Szczecinie i Poznaniu. Jesienią 1947 r. mjr. Hieronim Dekutowski „Zapora” zaproponował mu wspólny wyjazd na Zachód. Wraz z grupą innych żołnierzy zagrożonych aresztowaniem podjęli taką próbę ucieczki. Jednak w wyniku zdrady i prowokacji zorganizowanej przez UB w Katowicach wszyscy oni zostali podstępnie aresztowani w punkcie kontaktowym w Nysie. Edmund Tudruj został tam zatrzymany 16 września 1947 roku. Następnie trafił do centralnego więzienia MBP w Warszawie na Mokotowie.
Wyrokiem Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie z 14 listopada 1948 r. został przez sędziów: majora Józefa Badeckiego, kapitana Józefa Kanteckiego i kaprala Ryszarda Wasilewskiego skazany na karę śmierci. Wyrok podtrzymał Najwyższy Sąd Wojskowy w składzie pułkownik Józef Dziowe, podpułkownik Alfred Janowski i pułkownik Józef Warecki, a Bolesław Bierut decyzją 28 lutego 1949 nie skorzystał z prawa łaski.