W większości sondaży przedwyborczych prowadził niezależny kandydat Amr Musa. Jednak związku ze zdominowaniem parlamentu przez Bractwo Muzułmańskie, komentatorzy spodziewali się dobrego wyniku Muhammada Mursiego (Partia Wolności i Sprawiedliwości) wywodzącego się z (i rekomendowanego przez) Braci Muzułmańskich. Pierwsza tura wyborów odbyła się w dniach 23–24 maja 2012. Zwyciężył w niej Mursi (24,78%), wyprzedzając nieznacznie niezależnego kandydata Ahmada Szafika (23,66%), byłego premiera z czasów Mubaraka uważanego za człowieka dawnego reżimu. Amr Musa przepadł na piątym miejscu z wynikiem 11,13%. W drugiej turze głosowania w dniach 16-17 czerwca 2012 Mursi pokonał Szafika, uzyskawszy 51,73% głosów.
Rządy Muhammada Mursiego Zaprzysiężenie Mursiego na prezydenta Egiptu mały|upright|250px|Prezydent Muhammad Mursi (30 czerwca 2012 – 3 lipca 2013) Nowy prezydent zaprzysiężony na stanowisko 30 czerwca 2012 zobowiązał się do powołania szerokiego rządu, złożonego z przedstawicieli różnych środowisk społecznych. Zrezygnował ze stanowiska przewodniczącego Partii Wolności i Sprawiedliwości.