Jannie w 2009 roku był członkiem zespołu, który zdobył Puchar Trzech Narodów. Swoją pozycję w drużynie narodowej du Plessis ugruntował w 2010 roku, kiedy wystąpił w 12 meczach swojego zespołu, w tym w 10 kolejnych w pierwszym składzie. Rok później, już jako zawodnik „pierwszej piętnastki”, znalazł się w 30-osobowym składzie Springboks na Puchar Świata. W Nowej Zelandii du Plessis wystąpił w czterech spotkaniach, w tym w przegranym ćwierćfinale z reprezentacją Australii.
Życie osobiste Jannie du Plessis ukończył medycynę na Uniwersytecie Wolnego Państwa w Bloemfontein. Pomimo zawodowej gry w rugby, pozostaje aktywnym lekarzem w klinice pomagającej zarażonym wirusem HIV oraz w szpitalu wojskowym w Durbanie. W 2009 roku był jedną z pierwszych osób, które udzieliły pomocy groźnie potrąconemu przez pojazd uprzywilejowany zawodnikowi Brumbies, Shawnowi Mackayowi. Pomimo starań lekarzy, Australijczyk zmarł na skutek doznanych obrażeń. Ojczystym językiem Janniego jest afrikaans. Młodszy brat Bismarck także uprawia w rugby – gra na pozycji . Wielokrotnie występowali wspólnie w pierwszej linii młyna zarówno Sharks, jak i reprezentacji. Jannie wraz z bratem są również właścicielami farmy we wschodniej części Wolnego Państwa.