Do jego najbardziej znanych kompozycji należą: fantazja na orkiestrę Levenszomer (1903) wspomniana kantata De schipbreuk, uwertury Cyrano de Bergerac (1905) i De getemde feeks (Poskromienie złośnicy, 1909) oraz poematy symfoniczne Saul en David (1906) i Elverhöi (1940).
Choć muzyka Wagenaara bywa określana jako konserwatywna, to dzięki swej doskonałej jakości wyróżnia się na tle twórczości innych rówieśników kompozytora, będących jedynie naśladowcami niemieckich kompozytorów jak Wagner czy Brahms.
Dzieła (wybór) Utwory orkiestrowe Frithjof's Meerfahrt – utwór koncertowy op. 5 Uwertura Frühlingsgewalt op. 11 Romantisch intermezzo op. 13 (1894) Levenszomer – fantazja op. 21 (1903) Uwertura Cyrano de Bergerac op. 23 Saul i David – poemat symfoniczny op. 24 (wyd. 1929) Uwertura do Poskromienia złośnicy Shakespeare'a op. 25 (wyd. 1929) Voorspel De Cid op. 27 (rok ?) Sinfonietta op. 32 (1917) Wiener Dreivierteltakt Rythme de la vie viennoise op. 38 (1929) Uwertura Amphitrion op. 45 (1938) Uwertura do komedii La principessa filosofa Gozziego op. 59 (1932) Elverhöi – poemat symfoniczny op. 48 (wyd. 1940)
Muzyka kameralna Larghetto na obój i orkiestrę kameralną op. 40 (1934) Larghetto na obój i fortepian op. 40 (1934, popr. 1936) Intrada in antieken stijl op. 43, nr.