Johan Wagenaar (ur. 1 listopada 1862 w Utrechcie, zm. 17 czerwca 1941 w Hadze) – holenderski kompozytor, dyrygent, organista i wykładowca muzyki. Centralna postać życia muzycznego w Utrechcie. Często koncertował z Chórem Toonkunst, z którym wykonywał holenderskie premiery wielu zagranicznych utworów), dawał też recitale organowe, spotykając się z powszechnym uznaniem za interpretacje Bacha oraz za improwizacje.
Życiorys Johan Wagenaar urodził się w Utrechcie jako czwarte z sześciorga pozamałżeńskich dzieci sędziego Cypriaana Bergera van Hengsta i jego byłej pokojówki Johanny Wagenaar. W wieku trzynastu lat rozpoczął naukę w szkole muzycznej Utrechtse Toonkunstmuziekschool w rodzinnym mieście, w której pobierał lekcje kompozycji i gry na organach u Richarda Hola, organisty w miejscowej katedrze. Po ukończeniu studiów w 1885 roku otrzymał posadę nauczyciela gry na fortepianie w Utrechtse Toonkunstmuziekschool, kontynuując jednocześnie studia organowe u Samuela de Lange. W 1892 doskonalił swoje umiejętności z kontrapunktu u Heinricha von Herzogenberga w Berlinie.
Razem z Bernardem Zweersem i Alphonsem Diepenbrockiem Wagenaar ożywił rolę kompozytora w holenderskim życiu muzycznym.