W roku 2009, podczas Pucharu Sześciu Narodów Flood był podstawowym łącznikiem ataku, jednak jego pozycję znacznie osłabiła półroczna przerwa związana z kontuzją ścięgna Achillesa. Po powrocie do regularnej gry, ponownie wywalczył sobie miejsce w składzie, „sadzając” na ławce rezerwowych swojego dawnego nauczyciela, Jonny’ego Wilkinsona.
W 2011 roku był wiodącą postacią podczas Pucharu Sześciu Narodów, kiedy to w pięciu meczach zdobył 50 punktów, a Anglia zdobyła to trofeum po raz pierwszy od 2003 roku. Dzięki temu Flood znalazł się na skróconej liście kandydatów do miana najlepszego zawodnika turnieju.
We wrześniu tego samego roku znalazł się w składzie kadry na Puchar Świata, gdzie jednak Anglicy nie spełnili pokładanych w nich nadziei i po porażce z Francją odpadli w ćwierćfinale imprezy. Kilka miesięcy później kolejna kontuzja po raz kolejny zmusiła Flooda do walki o reprezentacyjną koszulkę z numerem 10, tym razem z Charliem Hodgsonem i Owenem Farrellem.
23 czerwca 2012 roku w Port Elizabeth zaliczył swój 50.