Jednostkami terenowymi zarządu stały się od 1 listopada 1965 r. wydziały kontroli ruchu granicznego zorganizowane w pionie bezpieczeństwa komend wojewódzkich Milicji Obywatelskiej. Składały się one z grup operacyjnych oraz grup rejestracji cudzoziemców (funkcjonujących wcześniej jako samodzielne sekcje rejestracji cudzoziemców). Struktura pionu nie była jednolita dla wszystkich komend wojewódzkich i równorzędnych. Wydziałów nie utworzono w KW MO w Łodzi i Warszawie, natomiast w KW MO w Bydgoszczy, Kielcach i Poznaniu oraz w KM MO w Łodzi (czyli w tzw. województwach wewnętrznych) istniały samodzielne sekcje, które dopiero po kilku latach przekształcone zostały w wydziały (z wyjątkiem KW MO w Kielcach).
W 1968 r. struktura zarządu przedstawiała się następująco:
Wydział I (informacyjno-ewidencyjny) Wydział II (kontrola ruchu granicznego) Wydział III (kontrola pobytów czasowych) Wydział IV (kontrola pobytów stałych) Wydział V (ogólny)