W 1948 roku ochrona objęto zarówno żywe jak i martwe drzewa wokół Rogalina, tworzące największe w Polsce skupisko dębów szypułkowych.

Celem ochrony terenów Poznańskiego Przełomu Warty w latach 1958 i 1964 utworzono rezerwaty Krajkowo i Goździk Siny w Grzybnie. Rozważane w latach 1976-87 przyłączenie części doliny Warty pod Rogalinem do Wielkopolskiego Parku Narodowego nie doszło do skutku. W 1994 r. utworzono Zespół Przyrodniczo-Krajobrazowy Łęgi Rogalińskie, a w 1997 roku – park krajobrazowy.

W latach 1999–2000 w Parku utworzono dodatkowe obszary ochrony pozostałości ekosystemów w postaci użytków ekologicznych. W 2007 r. Park i jego otoczenie włączone zostało do sieci Natura 2000 poprzez utworzenie obszaru ochrony siedlisk Rogalińska Dolina Warty (PLH300012) oraz strefy ochrony ptaków Ostoja Rogalińska (PLB300017).thumb|lewo|„Lech”, „Czech” i „Rus” w 2003